3月16日，应外交部和民航局的要求，南航临时加班执行大连-东京-大连，哈尔滨-新泻-哈尔滨，沈阳-东京-沈阳航班，接回在日同胞。
当日早晨08：30分，南航大连分公司接到南航股份公司SOC的指令，要求大连分公司临时加班执行大连-东京-大连航班。接到指令后，大连分公司迅速组织飞行和乘务人员。
9：30分，10名机组成员全部集结到位，大连分公司总经理罗明毫亲自赶到飞行准备室，向机组成员传达了本次加班的目的和意义，同时要求机组成员要高效、圆满的完成此次飞行任务。
担任本次航班的机长刘传波，是南航大连分公司二分部副经理，优秀飞行员。乘务长是有着10多年客舱服务经验的南航大连分公司客舱部二分部经理黎虹。
为了营造气氛，让同胞们感受到祖国的温暖，南航大连分公司客舱部乘务员临时购买了小国旗，并将红色的国旗布满客舱。
11：30分，南航配餐车及时将航班所需餐饮送到CZ2003航班上。南航大连航空食品公司还多增加了50份餐点，总数达到228份，还多增加了5箱矿泉水和饮料，以保障旅客餐饮需求。
12：30分，CZ2003航班在大连国际机场正点起飞。两个半小时后，该航班将到达东京成田机场。停场一小时，15：30点分左右，CZ2004航班将在成田机场起飞。
据悉，3月16日南航还从北方、哈尔滨两个分公司调配运力，临时加飞沈阳-东京-沈阳航班，哈尔滨-新泻-哈尔滨,哈尔滨往返新泻航班号CZ2001/2,哈尔滨机场起飞时间14：37分；沈阳往返东京航班号CZ2007/8，于16：09分在沈阳桃仙机场起飞。
