5月20日，94名学生旅客将搭乘FM9393航班从上海浦东飞往鄂尔多斯，航班于17:19分起飞；同日还有81名旅客搭乘MU6335航班，从上海虹桥飞往大连，航班已于15:42分起飞。当天这2班航班也是东航在上海实施静态管理后，首批复航的航班。据悉，本月22日、25日、27日上海——大连航班还将执行3班；浦东——鄂尔多斯航班计划恢复至每天1班。
随着上海市防控取得阶段性成效，5月16日，上海市疫情防控工作新闻发布会宣布，将从即日起分三阶段恢复正常生产生活秩序，航空也将逐步恢复国内航班执飞上海，适时调整国内外航司执飞上海航班的客座率。作为上海最大的主基地航空公司，东航统筹疫情防控和运输服务保障工作，提前对航空市场需求、恢复节奏的预判，以“7天周计划，3天滚动决策”的工作机制，加强始发和目的地机场的联动协调，匹配好航班生产量与各项保障资源，有序恢复航班生产。
5月15日起，东航正式对外推出复工返乡包机服务，全面接受企业有关复工复产包机的申请。东航还联系各大高校、企事业单位征求复工复产包机需求；积极联系昆明、成都、兰州等城市机场及防疫部门，协调航班恢复事宜。东航根据各地防疫政策，制定相关前置方案，提示旅客了解目的地的防疫要求，安排好行程。5月16日，东航在了解到有学生团体要返回内蒙古，第一时间联系鄂尔多斯机场集团，积极协调上海往返鄂尔多斯机场的复航工作。
做好地面服务保障也是航班恢复工作的重要一环。5月20日12:45起，东航在虹桥机场T2航站楼C岛值机区域开设了10个柜台，协助旅客完成信息申报、健康证明查验、值机托运登机等手续。在浦东机场T1航站楼，自5月20日13:00起，东航32个值机柜台全部处于待命状态，结合现场旅客人数，在做好疫情防控、人员不聚集的情况下开设柜台为旅客办理相关手续。同时，东航在上海虹桥、浦东两场做好旅客安全社交距离提示、旅客登机路径引导、健康证明扫码以及登机口手消等各项工作，确保旅客顺利出行。
除客运外，东航继续做好航空运输保通保畅工作。近期，随着上海复工复产进程逐步加快，航空运输各链条的保障能力进一步恢复，东航物流从提高全货机利用率、深挖货源潜力、强化销售组织、优化航线网络等方面，加快推进货运航班、物流地面作业的恢复工作。据悉，5月以来，东航物流全货机、客改货航班班次量与前期封控期间相比大幅提升。5月1日至19日，东航物流已累计执行上海进出港航班1124架次，运输货物共计3万吨，东航物流还在上海浦东虹桥两大机场，保障空运地面业务航班1459架次，货邮处理量共计5.3万吨，同比4月同期分别增长67.1%、74.1%，有力保障产业链供应链稳定。
