受新冠疫情影响，境外航企纷纷暂停往来中国大陆的航班，致使中国与世界各地的通航受到较大影响，首都航空北京=西安=里斯本航线是中国和葡萄牙唯一的直飞航线，是不少在欧洲西南部的中国公民返回境内和在华葡萄牙公民回国的唯一选择，更是中葡两国转运医疗物资的重要方式，疫情期间，该航线始终坚持不断航，保障中葡空中通道顺畅。
凝聚力量，同心抗疫！为积极响应国家通畅空中渠道，助力复工复产的号召，同时根据北京市防范境外疫情输入工作需要，3月15日至4月30日，首都航空北京大兴(PKX)=西安=里斯本航线改造为北京首都（PEK）=西安=里斯本航线，持续运行不断航，旅客通过首都机场T2航站楼进出港，后续如有变动将提前通知。
据首都航空统计，截至3月13日，北京=西安=里斯本航线已执行23次往返，运输旅客12326人，腾出舱位免费运输医疗物资94万件超16.8吨，在疫情期间为保持中葡航空网络的连通，确保人员和疫情防控医疗物资运输渠道通畅提供了助力，中国驻葡萄牙使馆也发来感谢信，对首都航空做出的贡献进行表扬。4月，该航线将恢复到每周3班，周357正常执行，继续为中葡两国人员及物资往来服务，携手助力，共同抗疫。
