祖国西域在大小列强蹂躏下呜咽，西域面临着被外国瓜分侵占的危险。清政府在经过一场所谓“海防和塞防”的争论后，西北防务重新得到统治者的重视。光绪元年（1875年），年事已高的陕甘总督左宗棠受命于危难之际，就任钦差大臣，督办新疆军务。由于制定了“先北后南”、“缓进速战”的正确进军路线和战术，率7万余人直插北疆地区，连克乌鲁木齐、玛纳斯、吐鲁番等地，大败侵略军，阿古柏走投无路，被迫服毒自尽。随后清军乘胜追击，挥师南下，连克焉耆、库尔勒、阿克苏、乌什、喀什、和阗等南疆诸地，至光绪三年（1877年）底，清军已收复了南疆各地，紧接着就是收复伊犁。左宗棠不顾年老体弱，以68岁高龄亲临哈密大营指挥，欲与沙俄决一死战。但无能的清政府却在光绪七年（1881年）二月，与沙俄签订了《中俄伊犁条约》，沙俄次年撤军，至此，中国付出900万卢布（合白银500多万两等代价，才于光绪八年（1882年）使得被沙俄强占11之久的伊犁终于回到祖国怀抱。
早在嘉庆二十五年（1820年），著名政治家龚自珍在其《西域置行省议》中，就提出建新疆省的设想，直到左宗棠收复新疆后，于光绪十年（1884年）十月，清政府发布新疆建省上谕。此时的“新疆”的内涵是“他族逼迫，故土新归”，意为原来是中国的领土，被外国入侵者占领后，现在又重新回到祖国怀抱。自此，通用“新疆”之名，再不使用“西域”一名①。
