为保障亚博会顺利进行，根据民航局《关于加强当前空防反恐维稳工作的紧急通知》的精神，南航新疆分公司保卫部制定了《第三届中国亚欧博览会航空安全保卫工作方案》，从“地面防、空中反、内部纯”三个方面，细化完善48条特别空防安保工作措施。要求各空防责任单位主要领导充分认识当前面临的严峻反恐形势，充分认识做好航空安全保卫工作的重要性和紧迫性，切实加强安全保卫工作的组织领导，精心组织、周密部署。要求各单位要从保证国家安全的政治高度，按照特别安保工作措施要求，主要领导亲自抓，分管领导全力抓，逐项研究，在做好日常空防安全工作的基础上，加大力度，增强空防安全的敏感性，认真抓好措施落实，保证空防安全，确保各项安保措施落到实处。
8月30日-9月3日，南航股份公司保卫部检察员在南航新疆分公司的配合下，对新疆分公司地面服务保障部、货运部、新疆航空食品有限责任公司等单位第三届中国亚欧博览会安保措施落实情况进行了专项检查，具体针对亚博会安保措施的学习培训、货运安检措施的执行、大件货物的收运和存放、危险品的运输、值机对旅客的安保询问、货运库、航空食品库的安保监控、航空食品车的铅封、空警安全员的器械管理、空防预案的准备、机组的航前安保协作等情况进行了全面检查，从检查的情况来看各单位情况基本良好，未发现有重大安全隐患。
