对航空公司来说，航空安全管理体系（SMS）不仅是行业规章要求，也是实现安全管理关口前移，落实安全责任、实施闭环管理和加强安全文化建设的需求。长期以来，南航新疆分公司在安全管理工作中坚持严格管理，努力掌握和运用安全管理内在规律，逐步建立起了覆盖生产全过程的管理体系。
2009年，南航开始全面推进SMS建设，在南航各分子公司，SMS系统建设也同步推进。南航新疆分公司通过完善组织机构、制定分公司政策、SMS方法应用、安全文化建设，全面覆盖SMS建设中“政策、风险管理、安全保证和安全促进”四大支柱所涉及的所有要求，并从源头着手，制定分公司《航空安全管理手册》，明确和规范了分公司SMS建设的各项工作。
风险管理是SMS建设的核心，基于Reason理论——人是会犯错误的，事故是由多种因素组合产生的，人只是导致事故发生的最后一个环节；通过风险控制的方法可以阻止事故链的形成，从而避免事故的发生。2009年，为识别和查找工作中的各类危险源，分公司组织了7个专业推进组、抽调80多名业务骨干进行了SMS实施指南编写。经过辛勤努力，归纳出98项部门活动、468项分解活动，共绘制了689个工作流程，归纳出2085个危险源。同年，分公司先后选派25名骨干参加南航和局方各类SMS宣贯培训，对公司全员进行SMS培训；开展安全管理体系主题征文活动，促进了SMS有效应用和经验交流；发放3000多本SMS宣传册和组织学习，使员工能够通过主动学习了解SMS的基本知识。在公司各部门广泛宣贯，倡导“安全归零”、 “安全无小事”、“安全无满分”等安全理念，把“见微知著”、“标本兼治”等思路带给了全体员工，努力做到全员参与，理念齐享。
而对于SMS这个“新生”事物，如何应用才是关键。针对分公司运行安全的薄弱环节，分公司开展专题安全风险管理研究，先后就飞行运行安全、高原机场运行、防冲/偏出跑道、防着陆过载大等方面进行了系统分析，排查安全隐患，制定了对应的预防或整改措施，编制了专项分析报告。同时在分公司范围内推广典型事件风险分析的通用模版，提高风险分析的运用能力。
2010年12月9日，南航新疆分公司在南航各分子公司中率先通过局方SMS验证检查和股份公司SMS符合性评估，成为南航18个分子公司中首个获得安全管理体系运行批准的航空公司。
2012年5月4日，在分公司飞机维修基地101机库内，中国民用航空局飞标司副司长周凯旋向飞机维修基地经理曾谦颁发了《安全管理手册》，标志着新疆分公司飞机维修基地顺利通过SMS补充合格审定，成为了新疆地区内首个获得了安全管理体系运行批准的民航维修单位。
如今，各岗位的员工每天都直接、间接地应用着SMS。每天报送的各类安全信息，安全培训、安全文化活动的开展、安全运行监察、安全审计、各类危险源的跟踪处理等都是SMS管理应用的一部分。应用最为广泛地当属搭载SMS理念的ESMS电子化安全管理系统平台。特别是2013年，分公司加大了ESMS系统应用的推广，要求各单位对ESMS系统应用进行全员普及和培训，启用了系统的信息报告和日报报送，替代传统的邮件报送日报方式，提高了工作效率。并定期点评和通报各单位领导和安全管理部门人员使用系统的情况。
ESMS平台是全南航安全管理工作的核心，安全政策模块第一时间发布行业安全信息、安全动态和安全通报等信息；信息报送模块是发送和接收各类不安全事件的平台，2013年分公司应用平台报送439条安全信息，截止2014年11月分公司已上报各类不安全信息997条，同比增幅高达127%；安全培训模块可以下载各类安全培训教材，查询员工安全培训记录；安全监督模块涵盖了安全审计的全过程，从审计计划的编写，实施安全审计的过程，发现问题的整改，整改问题的验证关闭的系列工作，全部通过平台完成，确保所有审计项符合标准要求；风险管理模块目前已完成前两期建设，一期建立危险源数据库，与ESMS系统输入相关联，二期围绕航班运行实时评价运行安全风险，与主要生产系统相关联；自愿报告模块是鼓励员工自愿报告与航空安全有关的任何信息，以帮助公司及时发现和掌握事故隐患或危险状况，防止严重不安全事件发生，持续优化和完善安全管理体系。
未来，分公司的安全工作和ESMS平台的应用更加密不可分，员工的初始安全培训和安全复训都可通过平台的培训模块实现。各类运行安全信息报告中，目前开展的事件调查仅有4%，未来对上报的各类安全信息将实现100%的风险分析，查找制因，制定解决方案，实现安全管理由被动管理向主动管理和前瞻性管理转变，从而有效控制风险，做到持续安全。
